1863, Kyoto. Le Bakufu veut chasser les étrangers qui arrivent au Japon. Dans ce contexte, de nombreux Samouraïs arrivent d’Edo à la capitale impériale, qui devient le théâtre de conflits sans fin.
Nio, un jeune garçon honnête qui tient à sa famille, a un fort sens de la justice. Sa jeunesse turbulente commence lorsqu’il rencontre Toshizo Hijikata et Soji Okita, des rônin détestés du Miburo.