Gate of Nightmares se déroule à Wistaria, un monde d’épées et de magie, et à Remulias, un monde où les rêves des gens deviennent réalité. Emma, une fille qui est devenue une « Nightwalker » et commande des monstres nés de mauvais rêves connus sous le nom de « Cauchemars », elle rencontre Azel, un garçon mystérieux dont les Cauchemars raffolent…