L’histoire se déroule quatre ans après la trame des premiers jeux vidéo de la série .hack. Shugo et Rena, frère et sœur jumeaux de quatorze ans, découvrent le MMORPG The World. Rena gagne l’accès à deux personnages très rares qu’elle incarnera avec son frère. Une légende est associée à ces deux personnages et les jumeaux tentent de la résoudre.