Dans un monde parallèle, alors que le combat faisait rage entre un grand héros et un roi démon, leur magie fut telle qu’elle forma une gigantesque explosion qui se ressentit jusque sur Terre. Et c’est dans une salle de classe japonaise remplie d’élèves du secondaire que les dégâts ont lieu. Cependant, pas le temps de pleurer sur les morts : toutes les victimes de l’explosion sont réincarnées dans ce monde fantastique, dans lequel ils vont pouvoir trouver une nouvelle forme.
Kumo Desu ga, Nani ka? va suivre l’une des élèves touchée par le phénomène. Présentant les plus mauvaises note de sa classe, celle-ci s’est réincarnée en araignée, un insecte que peu de gens apprécient… Et au cœur d’un monde qu’elle ne connaît pas, notre héroïne va bien devoir prendre sur elle pour survivre, peu importe sa forme !