Ai Shiina est un jeune homme que l’on prend souvent pour une femme. Lassé par les quiproquos auxquels il doit faire face quotidiennement, il décide de déménager à Tokyo pour ses études. Il va emménager dans une pension avec trois jeunes filles, Ayaka Sunohara la maîtresse de maison, ainsi que Sumire Yamanashi et Yuri Kazami.